Il Pad distingue quattro Zone operative. La n.1, che comprende anche il Molo Italia, sarà dedicata ai traffici dei prodotti forestali, così come la zona n.2, comprendente la sponda sud della Calata del Magnale e l’area del terminal ex F.lli Bartoli. La zona operativa n.3, che comprende le darsene Calafati e Pisa, sarà dedicata alla cantieristica e alle riparazioni navali.
La zona operativa n.4, comprendente parte dell’area ex Enel, manterrà, per ora, la funzione industriale energetica, allo scopo di realizzare impianti di ricezione e distribuzione di energia elettrica per l’insieme del porto e impianti e laboratori dedicati allo sviluppo di sistemi di produzione di energia da fonti rinnovabili.