Inoltre, al termine dei lavori, MSC Magnifica presenterà nuovi e importanti sistemi per la riduzione dell’impatto ambientale che andranno ad integrare le tecnologie già presenti per il rispetto dell’ambiente e che confermano l'impegno della Compagnia sui temi della sostenibilità ambientale: un sistema all’avanguardia per la riduzione catalitica selettiva (SCR), che aiuta a ridurre l’ossido di azoto in azoto puro e acqua, e un sistema di trattamento delle acque reflue (AWT) di ultima generazione, che soddisfa i più alti standard e che purifica le acque reflue fino a ottenere acque di qualità.
Il sistema soddisfa il cosiddetto "Baltic Standard" e tratta le acque reflue ad un livello più elevato rispetto alla maggior parte degli standard sui rifiuti disponibili previsti nelle città di tutto il mondo. Sarà inoltre installato un sistema ibrido di pulizia dei gas di scarico (ECGS), che rimuove fino al 98% dell'anidride solforosa dallo scarico della nave e riduce notevolmente il particolato. Il sistema ibrido EGCS di MSC Magnifica offre un livello più elevato di flessibilità per permettere il suo funzionamento in tutte le circostanze in modo responsabile e rispettoso dell'ambiente